Jenis mikoriza hifanya menembus hingga ke bagian korteks

Endomikoriza merupakan jamur yang hifanya dapat menembus akar sampai bagian korteks. Contohnya saja yang terjadi pada tanaman anggrek, sayuran (kol), dan berbagai jenis tumbuhan tingkat tinggi. Endomikoriza sendiri penting untuk beberapa jenis tanaman polong-polongan karena dianggap dapat merangsang pertumbuhan bintil akar. Bintil akar dapat bersimbiosis dengan Rhizobium, sehingga mempercepat fiksasi nitrogen.